使用Markdown写作并插入参考文献（atom+pandoc+Zotero）

1. 缘起

自从遇见Zotero，Markdown之后就再也不想用microsoft Word了，因为看见word的工具栏就想调格式有没有！！ 加入到Markdown的阵营之后，格式全部交给了写完之后的css文件渲染，没有格式可调，觉得不写字出来就是逃避困难的表现。 但是，上周的一个学术写作却把自己给难住了，因为，我不会在markdown中插入文献！最后挣扎了几天，还是退回了word的阵营，感觉到了一点点的挫败。 因此，花费了一天的时间，我终于摸到了一些门道，争取在忘记之前写下来。

2. 实现逻辑

1. 利用文本编辑器(atom),使用Markdown输入内容；
2. 文献管理软件Zotero+插件Better BibTeX for Zotero,管理文献并生成.bib的文献库索引；
3. Atom中安装插件zotero-citations或者zotero-picker，在markdown文本中插入Bibtexde citation key；
4. 利用pandoc 进行markdown的渲染以及转换，pandoc可以从.bib文件中根据citations key读取引文，生成参考文献格式，输出word文档或pdf。

3.具体步骤及解释

1. Better BibTeX for zotero是专门为LaTex引文管理与插入的插件，在zotero中安装之后，可以在每个item的info中，看到自动生成了citations key:

这个key唯一对应于一篇文献。

1. 通过导出，生成library.bib文件。
   • Zotero主菜单File–>Export libray–>Format勾选Better BibLaTeX，其他的Translator options可选；

• 导出在特定的文件夹中，如\MyProject\Library.bib; 用文本编辑器打开，会发现里面的内容为：

  @article{SanchezOXYGENVACANCYMODEL1987,
    title = },
    volume = {104},
    issn = {0021-9517},
    doi = {10.1016/0021-9517(87)90342-3},
    shorttitle = },
    number = {1},
    journaltitle = {Journal of Catalysis},
    date = {1987-03},
    pages = {120--135},
    author = {Sanchez, M. G. and Gazquez, J. L.},
    note = {00243}
  }

可以简单地理解为，citations-key为SanchezOXYGENVACANCYMODEL1987，其中对应了title，author以及期刊名称等信息。。最后生成的参考文献格式依赖于其中的内容。

1. 根据所投杂志要求，选取好自己所需要的参考文献格式，如选取acs-nano的引用格式，到网站（Zotero Style Repository）上下载csl文件。
2. 将写作好的markdown文件此例为input.md与library.bib与acs-nano.csl文件放置于同一个文件夹中，
3. 下载并安装Pandoc - Installing pandoc。
4. 打开计算机终端或命令行，windows可以为cmd.exe或者powershell.exe,Linux为bash.
5. 运行pandoc input.md --bibliography=library.bib --csl=acs-nano.csl -o output.docx，

结果：你可以得到一个名为output.docx的文件。上述命令将 input.md转化成了output.docx。

通过这个方法，可以成功地实现.markdown 到.docx文件，.pdf（需要LaTex软件）等格式的文件了。 成功打通从markdown到其它格式文档的通道。

更多参考：

1. Using Pandoc - YouTube，很好的pandoc转化markdown文件的教程；
2. What’s a bib file? - YouTube，介绍bib文件；
3. Academic Markdown and Citations · Chris Krycho，参考大概的转换文档的流程；
4. My workflow for transforming academic Markdown into beautiful Word documents，参考流程；
5. Scrivener for academic writing with Zotero，参考流程；
6. panzer/panzer at master · msprev/panzer，这个可以更多地定义转换的格式，比如行距等。